ブラウザで動くフリーソフトのMolViewで,構造式を描いて,3Dに変換して分子模型をつくりましょう!

MolViewは,構造式を描いて,それを3Dに変換し,完成した分子模型をグリグリできます。

MolViewのメニュー

上部にあるメニュー

上部にあるのは,構造式を描くためのメニューです。

ゴミ箱は,今までに描いていた構造式を全消去します。

消しゴムは,一部の原子や結合を消すことができます。

矢印は,やり直し(undo)です。

十字の矢印は,原子をつまんで動かせます。

点々は,構造式中の原子を選択します。

三原色は,カラーにするか白黒にするか,です。

C-Hは,構造式の骨格を炭素原子でしめすか,すべての原子を示すかです。

丸にプツプツは,画面の中央に構造式をもってきます。

ホウキは,構造式の形を整え,見栄え良くしてくれます。

2D to 3D は,右側の画面にて3Dにした分子模型を表示します。

右側のメニュー

右側の縦一列は,描きたい原子を選ぶためのものです。

左側のメニュー

左側の縦一列は,結合の仕方を変更したり,すばやく描くためのメニューです。

モルックスで分子模型をつくるときには,不斉炭素原子というものに注意しましょう

ブラウザで動くフリーソフトのMolViewで,分子模型をコンピュータでグリグリしちゃいましょう

メタンの構造式を描いてみます

左側の白い画面に「C」をおきました

まず,ゴミ箱を押します。

すると,左側の構造式を全消去することができます。

右側の「C」をクリックし,白い画面上の適当なところを一度クリックします。

これで,炭素原子を置いたと見えます。

しかし,実は水素原子が省略されています。

確かめるために「ホウキ」をクリックします。

ホウキをクリックしたところ

すると,構造式が大きく表示されます。そして,さっきまでは見えていなかった水素原子が4つすでに結合していたことが見えます。

「2D to 3D」をクリックすると,メタン分子の完成です。

メタン

これでもいいのですが,やはり空間充填モデルにしたくなります。

そこで,「Model」をクリックして,出てきたメニューから「van der Waals」を選ぶと,メタン分子の完成です。

空間充填モデルのメタン

右側のメタン分子をdrugすると,下のようにして,分子模型をグリグリ触ることができます。

アンモニア分子を描きます

Nを置きました

ゴミ箱をクリックして全消去してから窒素を置きました。

「ホウキ」をクリックすると,窒素原子を1個おいただけなのに,すでにアンモニアができていたことがわかります。

「2D to 3D」をクリックすると,アンモニアの完成です。

エタンを描きます

ゴミ箱をクリックしてから,左側の単結合を選び,画面上をクリックしたところです。

「ホウキ」をクリックすると,エタンの構造式ができました。

「2D to 3D」をクリックすると,エタンの完成です。

エチレンを描きましょう

全消去してから二重結合を選び,画面上をクリックしたところです。

エチレンの構造式ができました。

「2D to 3D」をクリックすると,エチレンの完成です。

アセチレンを描きましょう

画面を全消去し,三重結合を選んで,画面をクリックしたところです。

「ホウキ」を押すと,アセチレンの構造式ができました。

「2D to 3D」をクリックしたら,アセチレンの完成です。

ベンゼンを描きましょう

「ゴミ箱」をクリックして全消去し,ベンゼンを選んで,画面をクリックしたところです。

「ホウキ」をクリックすると,ベンゼンの構造式ができました。

「2D to 3D」をクリックすると,ベンゼンの完成です。

ベンゼンの原子を替えてみます

酸素原子を選びます。

次に,ベンゼンをつくっている水素原子をクリックします。

すると,水素原子が酸素原子に置き換わりました。

今度は水素原子を選びます。

酸素原子をクリックした後,ずりずりっとドラッグします。

すると,〈酸素原子に結合した水素原子〉を描き足すことができました。

ここで,「ホウキ」をクリックして形を整えます。

フェノールの構造式の完成です。

「2D to 3D」をクリックすると,フェノールの完成です。

自分で構造式を描ける!だけでもすごいのに,空間充填モデルにすることさえできて!!,なおかつ,グリグリ動かせる!!!

MolView,なんてすばらしい!

こんな感じで,フェノールをグリグリできるのです。

以上の操作を動画にまとめてみました。