分子模型をコンピュータでグリグリする:Jmol

イッセイです。分子模型をコンピュータで表示するソフトのうち私が使っていて,お気に入りのソフトであるJmolを紹介します。

Jmol

Jmolは,『パソコンで見る動く分子事典』に載っている分子模型を表示したり,Protein Data Bank で入手したタンパク質を表示したりするのに使ってきました。

分子模型をつくるときの文献

ただし,JAVA上で動くソフトです。マックでもウィンドウズでも最近,JAVAは嫌われつつあるので,そこがちょっと残念です。

まずは,Jmolをダウンロードします。ダウンドードが済んだら,Jmol.jarというファイルをダブルクリックします。すると,Jmolが立ち上がります。

まずは真っ黒なウィンドウが出現します。

ファイルをドラッグ&ドロップします。

分子模型のファイルをドラッグ&ドロップします。ここでは,Protein Data Bank の1FDFというファイルをドロップしました。

すると,こんなのがでてきます。

これは,ものすごくたくさんの原子でタンパク質はできているので,その骨組みを示している「カートゥーン」というスタイルです。まずはこの表示での分子模型になります。

画面上でメニューを選択します

マックだと二本指クリックで画面にメニューが出現します。ウィンドウズだと右クリックで,出てくるはずです。

こうして,表示方式を「CPK空間充填」にします。

すると,原子たちによる分子模型が出現します。

空間充填モデル

こうしてできた多数の原子からなる分子模型を画面上でグリグリできるのです。

動画にまとめてみました。