モルックスで,アミノ酸の一つ,トリプトファンをつくりましょう

イッセイです。モルックスを使って,トリプトファンをつくりましょう。

目次

アミノ酸の共通構造をつくりましょう

私たちの体に含まれるタンパク質は,アミノ酸がつながった鎖の構造をしています。

タンパク質の材料になるアミノ酸には,20種類あります。

アミノ酸には共通構造があります。

Common structure
アミノ酸の共通構造

真ん中の4面体の炭素原子の頂点には,そのアミノ酸に特長的な原子たちがつきます。そこで,共通ではないのでジョイントをつけただけにしています。

奥に水素原子,右下に酢酸と共通の原子たち(カルボキシル基),左下に窒素と水素2この原子たち(アミノ基)がついています。

4面体の炭素に四種類の異なる原子たちがつく場合,右足と左足の靴みたいな似ているようで違う分子ができます。このような原子を不斉炭素原子と呼んでいます。

モルックスで分子模型をつくるときには,不斉炭素原子というものに注意しましょう

とても面倒ですが,生物は厳密に区別しているので,しかたありません。

モルックスの写真だけではわかりにくいので,原子ブロックを図にしてみました。

Common structure
図で示したアミノ酸の共通構造

原子ブロックにつけた数字は何面体かということでみてください。色は,原子ブロックの種類です。

黒は炭素,赤は酸素,青は窒素,白は水素です。

以下の順番で組み立てたら間違えないでしょう。

  1. 4面体の炭素原子を手に取る
  2. 頂点を意識して,持つ
  3. 向こう奥に水素をつける
  4. 右側にカルボキシル基をつける
  5. 左側にアミノ基をつける

トリプトファンにしましょう

Five-membered ring
トリプトファンの構造

トリプトファンは,インドール環とよばれる複雑な形の原子たちが,アラニンにくっついた形をしています。

モルックスで,アミノ酸の一つ,アラニンをつくりましょう

共通構造の不斉炭素原子を赤い4で示しています。

また,5員環をつくる原子は青い3で示しています。

tryptophan
トリプトファンの部品と,共通構造

4面体炭素を1つ,二重結合の炭素を2つ,5員環炭素を4つ,5員環窒素を1つ,水素を8こを1つ用意します。

4面体炭素には,2つ水素の原子ブロックをとりつけます。

二重結合の炭素は,2つを互いにくっつけてておきます。水素を4つくっつけます。

5員環をつくる

5員環炭素をつける時の注意

5員環炭素は,『環式化合物ブースターセット』を購入すると手に入れることができます。

モルックスの『環式化合物ブースターセット』がきた!

この5員環炭素は,よーくみると結合面に差があります。よーく見ないと見えてこないぐらいの違いなので,まずはよーくみてみましょう。

5つで環になる5員環の部分には,一番狭い部分となるように配置します。

6つで環になる6員環の部分には,ちょっと狭い部分となるように配置します。

Five-membered ring
5員環

5員環の部分には窒素も入ります。配置を間違えないようにしながら組み立てましょう。

5員環の幅を間違えると決して5つではくっつきません。くっつかないときは間違えているときです。落ち着いてもう一度幅を見直してみてください。「あれ,いつの間にかずれてた」ときっとなっていることでしょうから。

tryptophan
トリプトファンの部品と共通構造

トリプトファンの側鎖の完成です。

Tryptophan
トリプトファンの完成

共通構造とくっつけると,トリプトファンの完成です。