モルックスで,アミノ酸の一つ,バリンをつくりましょう

イッセイです。モルックスを使って,バリンをつくりましょう。

目次

アミノ酸の共通構造をつくりましょう

私たちの体に含まれるタンパク質は,アミノ酸がつながった鎖の構造をしています。

タンパク質の材料になるアミノ酸には,20種類あります。

アミノ酸には共通構造があります。

Common structure
アミノ酸の共通構造

真ん中の4面体の炭素原子の頂点には,そのアミノ酸に特長的な原子たちがつきます。そこで,共通ではないのでジョイントをつけただけにしています。

奥に水素原子,右下に酢酸と共通の原子たち(カルボキシル基),左下に窒素と水素2この原子たち(アミノ基)がついています。

4面体の炭素に四種類の異なる原子たちがつく場合,右足と左足の靴みたいな似ているようで違う分子ができます。そこで,このくっつける順番はとても大事です。

モルックスで分子模型をつくるときには,不斉炭素原子というものに注意しましょう

とても面倒ですが,生物は厳密に区別しているので,しかたありません。

モルックスの写真だけではわかりにくいので,原子ブロックを図にしてみました。

Common structure
図で示したアミノ酸の共通構造

原子ブロックにつけた数字は何面体かということでみてください。色は,原子ブロックの種類です。

黒は炭素,赤は酸素,青は窒素,白は水素です。

以下の順番で組み立てたら間違えないでしょう。

  1. 4面体の炭素原子を手に取る
  2. 頂点を意識して,持つ
  3. 向こう奥に水素をつける
  4. 右側にカルボキシル基をつける
  5. 左側にアミノ基をつける

バリンにしましょう

バリン

バリンは,アミノ酸の共通構造に4面体の炭素が3つとその周囲の水素でできたものがくっついています。

Valine
アミノ酸の共通構造と側鎖の部分

4面体の炭素を3つ用意します。

そのうち両側の二つには3つの水素原子ブロックをつけます。

真ん中には1つだけ水素の原子ブロックをつけます。

Valine
共通構造とバリンの側鎖

くっつける部分ができたら,アミノ酸の共通構造にくっつけます。

バリンの完成です。

Valine
バリンの完成